Im Allgemeinen kann man sagen, dass es drei Arten von Mikroorganismen gibt. Eine Gruppe davon sind die abbauenden, degenerativen und fäulnisbildenden Mikroorganismen. Die Zweite sind die neutralen Organismen und die dritte Gruppe sind die aufbauend regenerativen und fermentaktiven effektiven Mikroorganismen.

Die effektiven Mikroorganismen haben die Fähigkeit direkt und indirekt bei allen Substanzen Fäulnis zu verhindern. Wie schon erwähnt gibt es auch den degenerativen Typ dieser Organismen. Sie verhalten sich genau entgegengesetzt dem vorher genannten. Es gibt aber auch die neutralen Organismen, die sich nach dem so genannten Dominanzprinzip richten. Wenn man also ein Milieu aufbaut, wo die regenerativen EM vorherrschen, dann folgen sie auch dieser Gruppe. Natürlich geht das auch in die umgekehrte Richtung.

Eine weitere Funktion beziehungsweise ein weiteres Prinzip der EM ist das Fermentationsprinzip. Fermentation beschreibt die Umsetzung von biologischen Materialen mit Hilfe von Bakterien, Pilzen, oder dergleichen. Mikroorganismen sind in der Lage, Stoffe oder Substanzen zu bilden, die auf einem rein chemischen Weg nur schwer herzustellen sind. Zum Beispiel können damit Insulin und auch viele Antibiotika hergestellt werden. Wenn jetzt die EM fermentieren entstehen stark antioxidative und lebensfreundliche Substanzen, Wie Enzyme, Vitamine und auch Aminosäuren. Ein sehr einfaches Beispiel, bei dem man sich auch etwas vorstellen kann, ist zum Beispiel die Herstellung von Sauerkraut.

Das dritte Prinzip ist das Antioxidationsprinzip. Die effektiven Mikroorganismen sind in der Lage freie Radikale zu neutralisieren und sie fördern ein regeneratives Milieu. Oxidation ist im Allgemeinen eine chemische Reaktion, bei der freie Radikale entstehen, die für das jeweilige Milieu schädlich sind. Bei der Antioxidation wird dies wieder rückgängig gemacht. Effektive Mikroorganismen produzieren diese Antioxidation in großen Mengen.

Die EM werden in der heutigen Zeit sehr viel verwendet. Egal ob es im Haushalt oder auch in der Landwirtschaft ist. Als EM Futtermittel sind sie besonders beliebt, weil sie das Immunsystem der Tiere stärken und sie so weniger anfällig für Krankheiten sind.